miércoles, 31 de marzo de 2010

Sondas de ADN

¿Qué son y qué interés tiene para la Microbiología la utilización de Sondas de ADN?

3 comentarios:

nisrin dijo...

En la actualidad, la investigación en microbiología a nivel molecular está viviendo grandes cambios. Desde los años noventa, se ha pasado de la publicación de artículos científicos basados en la secuenciación de un solo gen o un operón, a las publicaciones que describen la secuencia de genomas completos de diferentes organismos. Este cambio ha sido posible gracias al desarrollo tecnológico de los equipos de secuenciación automática y de la bioinformática como herramienta fundamental para el almacenamiento y análisis de la enorme cantidad de datos generados. En Microbiología, el número de genomas microbianos secuenciados por completo aumenta cada día, lo que abre las puertas de la investigación microbiológica molecular a escala genómica y del desarrollo de nuevas tecnologías, como es el caso de los Microarrays de ADN. A continuación, se explican brevemente los fundamentos de esta tecnología, así como su papel en la Microbiología molecular actual y sus futuras aplicaciones.La base de la tecnología de microarrays o chips de ADN es la automatización y robotización de las técnicas clásicas de biología molecular Southern y Northern blotting, siendo el fundamento de la técnica la hibridación de ácidos nucleicos. La principal ventaja con respecto a las técnicas clásicas es la posibilidad de inmovilizar en la superficie del microarray miles de sondas de ADN, permitiendo el análisis de la presencia/ausencia o de la expresión de miles de genes, incluso de genomas completos, en un solo experimento.
Un microarray de ADN se define como una serie de sondas de ADN unidas a una superficie sólida en una disposición regular y prefijada. La muestra problema se marca con un fluorocromo y puede ser, según el tipo de experimento, ADN: para estudios de búsqueda de secuencias específicas o de variaciones en las mismas; o ARN: para análisis de perfiles de expresión. El soporte utilizado comúnmente es el formato porta de vidrio de microscopía debido, sobre todo, a su baja fluorescencia basal y a que admite tratamientos de superficie para la unión covalente de las sondas de ADN. Un experimento típico con microarrays de ADN sigue los siguientes pasos: fabricación de array, preparación de la muestra, hibridación y análisis de los datos. Existen dos tipos de microarrays en función de la naturaleza de la sonda: los microarrays de productos de PCR y los microarrays de oligonucleótidos

sanae dijo...

Hasta hace relativamente poco, encontrar un gen en un genoma era como encontrar una aguja en un pajar. Si tuviéramos que realizar dicha tarea, probablemente usaríamos un imán para atraer la aguja (siempre y cuando esta sea de metal y posea propiedades magnéticas). De manera análoga, hoy día podemos encontrar genes o proteínas usando, respectivamente, sondas y anticuerpos, que actúan como imanes moleculares.
Las sondas son fragmentos de ADN o ARN de simple cadena complementarias a la región de ADN o ARN que queremos encontrar. Contienen alguna “marca” que permite revelar su unión (hibridación) a la secuencia elegida y de esa manera revela presencia de la región buscada(la que provoca una determinada enfermedad,...)
Las sondas pueden ser “coloreadas” durante su síntesis utilizando nucleótidos marcados con isótopos radiactivos. Otra manera de marcarlas es mediante la unión con una molécula que pueda ser detectada posteriormente como fluorescente, un marcador químico que puede ser detectado por un anticuerpo, o una enzima cuya actividad produce el cambio de color de su sustrato.
Una de las técnicas más empleadas para localizar fragmentos determinados del genoma (o la expresión de algún gen en particular por medio de la detección de la presencia de su correspondiente ARNm) es la hibridación in situ. Durante este proceso se incuba el ADN con una sonda (de ADN o ARN) complementaria a la secuencia buscada, y marcada radiactiva o químicamente.
La sonda “navega” por el interior de la célula hasta encontrar una secuencia complementaria a ella. Una vez que esto ocurra se formará una doble cadena que permitirá no sólo detectar la presencia de esta secuencia, sino indicar el lugar específico que ocupa dentro de la célula. Si se tratara de un fragmento de un cromosoma, nos permitiría saber su localización exacta o locus.

Anónimo dijo...

Una sonda es un fragmento de ADN (o raramente ARN) de pequeño tamaño (normalmente entre 100 y 1000 bases) usado en biología molecular como herramienta para detectar la presencia de ADN o ARN de secuencia complementaria parecida o igual.

En su uso, la sonda se une a la secuencia diana monocatenaria (ADN1c ó ARN) mediante un mecanismo de hibridación que forma una estructura bicatenaria, una de las hebras pertenece a la sonda, y la otra a la secuencia diana. Esta unión se establece porque tanto la sonda como la diana tienen secuencias en parte o totalmente complementarias, formándose pares de bases complementarias.

Marcaje [editar]Para visualizar las moléculas diana se utiliza una sonda marcada, bien radiactivamente, bien mediante marcaje inmunológico. Para el uso de ADN de doble cadena primeramente es necesario desnaturalizarlo mediante calor o en condiciones de alta alcalinidad. Esta sonda de cadena simple marcada se une a la diana; y los lugares de unión se detectan porque los métodos de marcaje dejan una señal detectable mediante fotografía. En los métodos más avanzados se utilizan marcajes mediante flororescencia que emiten señales detectadas mediante láser, como el utilizado en la PCR a tiempo real.

Radiactividad [editar]Se puede marcar radiactivamente la sonda utilizado nucleótidos que tengan alguno de sus átomos con un isótopo radiactivo, normalmente 32P, pero también es frecuente el uso de tritio.

Inmunológico [editar]Aunque el marcaje radiactivo es muy sensible, conlleva el peligro asociado a la utilización de radiactividad. Para evitar este peligro se desarrollaron otros métodos de marcaje basados en anticuerpos. Las sondas se marcan utilizando nucleótidos que llevan unida una molécula (digoxigenina), a la solución se le añaden anticuerpos específicos que se unen a esa molécula; y estos anticuerpos llevan asociado un compuesto luminiscente o fluorescente (Como el CDP-Star) que deja impronta fotográfica.

Southern y northern [editar]Independientemente de la naturaleza de la sonda utilizada (ADN ó ARN), las hibridaciones efectuadas sobre ácidos nucleicos inmovilizados en membranas o in situ, serán de tipo Southern cuando se use ADN como diana a detectar y de tipo northern cuando la diana a detectar sea mayoritariamente de ARN.


DÍA MUNDIAL DE LAS AVES

El próximo sábado, a partir de las 9:00 horas vamos a realizar una sesión de "Observatorio de aves" en la zona que hay más allá de la depuradora de aguas residuales en el paseo marítimo. Se trata de una parte de la Mar Chica en la que se pueden ver al menos 15 especies distintas. El alumnado de Biología de 1º y 2º de BAchillerato está invitado a este evento. Si tienes prismáticos no los olvides, lo mismo que las botas. Sólo serán 2 horas a lo sumo.
Buen avistamiento

PRÁCTICA DE RECONOCIMIENTO DE GLÚCIDOS PARA 2º DE BACHILLERATO

Ahí tenéis la dirección web de la que podéis bajaros la práctica de la semana siguiente. Imprimidla y llevadla a clase. Espero que el miércoles podamos hacer dicha experiencia en el laboratorio. Si tenéis bata es mejor ir con ella.

http://www.joseacortes.com/practicas/glucidos.htm

ENLACES DE INTERÉS PARA TODOS

De: "grupoocanica" <mkt62@hispavista.com> Título: Mensaje desde HispaVista Fecha: Tue, 23 Sep 2008 02:06:02 +0200 Para: boxeo@hispavista.com http://web.educastur.princast.es/proyectos/biogeo_ov/2BCH/B4_INFORMACION/T408_MEIOSIS/INDICE.htm http://centros6.pntic.mec.es/cea.pablo.guzman/cc_naturales/

http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1180http://web.educastur.princast.es/proyectos/biogeo_ov/index.htmhttp://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1030http://www.aula21.net/primera/cienciasnaturales.htmhttp://www.bg.profes.net/agenda.asphttp://www.exploralaciencia.profes.net/ver_galeria_enlaces.aspx?id=5775http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1031----------------------------------------------------------------------------------- De: "grupoocanica" <mkt62@hispavista.com> Título: temas de la eso biologia Fecha: Tue, 23 Sep 2008 02:48:13 +0200 Para: boxeo@hispavista.com 1º de ESO
? Los animales? La Tierra en el universo ? La materia? Los minerales y las rocas ? Climas y paisajes? Las plantas y los hongoshttp://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1013http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1030http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1046http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1125http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1007http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1031
2º de ESO
? Calor y temperatura? Procesos geológicos terrestres? La reproducción? Los seres vivos y la energía? El movimiento y las fuerzashttp://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1062http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1071http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1180http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1186http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1184
3º de ESO ? La nutrición ? El origen de las rocas? La célula? La reproducción? Coordinación de nuestro organismohttp://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1060http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1059http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1063http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1064http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1061
4º de ESO
? Herencia y genética? Ecosistemas? El interior terrestre? Tectónica de placas? Evolución de los seres vivoshttp://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1185http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1189http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1187http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1190http://www.librosvivos.net/smtc/homeTC.asp?TemaClave=1188

PÁGINA DE INTERÉS PARA VER ANIMALES

Espero que os guste esta página y aprendáis a distinguir los diferentes filos y clases. De aquí puedo sacar dibujos para el examen correspondiente.

http://www.educared.net/aprende/anavegar5/Podium/images/A/2564/insectos.htm

Especial atención a los sonidos de los animales.

El profesor

El profesor
Como de costumbre, dando explicaciones

Atlas de Histología animal

En un instituto de Madrid, los alumnos de 1º de Bachillerato han diseñado la siguiente web:
http://www.educa.madrid.org/portal/c/portal/layout?p_l_id=2288.204

Creo que es muy aprovechable

¿Qué te parece que se abra este blog para la Biología y la Geología?

Profesor de Biología y Geología